Arkeologiset löydöt osoittavat, että täällä on liikkunut ihmisiä kahdeksan tuhatta vuotta sitten. Silloin Emäsalo oli Pellingin kaltainen saariryhmä. Kivikauden ihmisillä oli asuinpaikat mantereella, mutta he harjoittivat saaristossa kalastusta ja hylkeenpyyntiä.

Pronssikaudelta 3500 – 2500 vuotta sitten on Emäsalon saarella ja sen ympäristössä löytynyt lukuisia kiviröykkiöitä. Niitä kerättiin paljon korkeille kukkuloille, joista oli hyvät näkymät. Se osoittaa, että jonkinlaista asutusta oli lähinnä saaren länsipuolella.

Kivikaudelta aina aikaan noin 1200 vuotta sitten Emäsalon saarelta ei ole löytynyt mitään kiinteitä muinaismuistoja. Mutta viikinkiajalta tuhat vuotta sitten on löydetty merkkejä satamapaikoista. Hakasalon Skallerhamnia pidetään sellaisena. Pronssiajalta ristiretkien aikaan 1100- luvulle Emäsalossa ei ole merkkejä kiinteästä asutuksesta. Voidaan kuitenkin otaksua, että Suomenlahden pohjoinen rannikko kuului virolaisten kalavesiin, koska heiltä puuttui verkko- ja nuottakalastukseen sopiva rannikko.

Asutus

Emäsalon saaren kiinteä asutus lienee alkanut 1200-luvulla ristiretkien aikaan, kun ruotsalaiset uudisasukkaat asettuivat tänne. Tästä periytyy nykyinen asutus. Emäsalo esiintyy kirjallisissa lähteissä vasta 1531. Tuolloin saarella oli jo neljä kylää, joissa oli useita tiloja. Maahanmuutto loppui 1300-luvulla mustan surman vuoksi. Pohjolan väestö väheni silloin voimakkaasti. 1540-luvulla Emäsalon kylässä, tai Kuggenin salmen kylässä kuten sitä myös kutsuttiin, oli neljä tilaa. Bengtsbyssä ja Orrbyssä oli viisi tilaa ja Vaarlahdessa neljä.

Pitkä sota Venäjää vastaan vähensi väestöä 1500- luvun lopulla. Venäläiset joukot tulivat jäätä myöten 1571 Emäsaloon. Ne riehuivat täällä niin väkivaltaisesti, että kaikki tilat kirjattiin maakirjoihin autioiksi, koska ne eivät pystyneet maksamaan veroja.

1600-luvun nälkävuosina useat vanhat tilat menettivät kadon, nälän ja kulkutautien vuoksi omistusoikeutensa, ja ne joutuivat kruunun haltuun, siis valtiolle. Vuonna 1636 kruunu lahjoitti kaikki Emäsalon tilat sotaherra Torsten Stålhandskelle. Lahjoitus ei antanut hallintaoikeutta, mutta valtio luovutti tilojen verotuotot lahjoituksen saajalle.

1700-luvun alussa venäläiset riehuivat taas saaristossa Ison Vihan aikana, ja estivät asutuksen laajentumisen. Sen jälkeen asutus lisääntyi, kun tiloja lohkottiin ja palvelusväelle rakennettiin mäkitupia ja kalastajatorppia merenlahdille. Virostakin tuli jonkin verran maahanmuuttoa, kun virolaiset pakenivat venäläisten maaorjuutta.

Maanomistuksessa tapahtui radikaali muutos 1700-luvulla ja myös 1800-luvulla, kun suurjakoa alettiin toteuttaa 1700-luvun lopulla. Jotkut tilat joutuivat aatelisten tai muiden säätyläisten haltuun. Mutta 1800-luvun alussa saarella pysyvästi asuvat omistivat kaikki Emäsalon tilat ja nämä tila ovat suurelta osin edelleenkin jäljellä. Tosin Boen kartano omisti Hakasalon. Vuonna 1760 Vaarlahden ja Bengtsbyn talonpojat yrittivät saada Hakasalon hallintaoikeuden, mutta se ei onnistunut, koska Boen kartano oli rakentanut sinne kaksi torppaa.

1900-luvulla vapaa-ajan asuntojen rakentaminen rannoille lisääntyi voimakkaasti mikä moninkertaisti väestön kesäajoiksi. Nykyisin vakituisesti asuvia on noin 200 taloutta ja vapaa-ajan asukkaita on noin 500 taloutta.

Elinkeinot

Emäsalo ei ole oikeastaan maatalousaluetta, koska laajamittainen maanviljelys ei luonnon vuoksi ollut mahdollista. Tämän vuoksi asukkaiden oli hankittava muutakin elantoa ja harjoitettava kauppaa. Ennen vanhaan se merkitsi lähinnä nuottakalastusta, tukkien ja polttopuun myyntiä sekä rannikkopurjehdusta. Monilla oli purjealuksia, jaaloja, joko omia tai yhdessä toisten kanssa. Purjehdusmatkoja tehtiin lähinnä Tallinnaan, Tukholmaan ja Helsinkiin. Erityisesti Suomenlinnan rakentaminen antoi emäsalolaisille hyvän tilaisuuden myydä kaikkea mitä he saattoivat hankkia metsästä ja merestä. Emäsalossa on rakennettu useita jaaloja tarkoitukseen sopivissa merenlahdissa.

Metsän hakkuu oli Emäsalossa varsin laajaa aina kiinteän asutuksen alkuajoista lähtien. Kun puutavaraa alettiin ostaa myyntiin 1800-luvulla, hakkuut lisääntyivät merkittävästi. Puutavaraa ajettiin rannoille jaaloille sopiviin lastauspaikkoihin. Nykyään voi sanoa, ettei Emäsalossa ole juurikaan koskemattomia metsiä, koska puutavaraa voidaan ottaa melkein missä tahansa metsäkoneilla, ja kuljettaa pois tukkirekoilla.

Viime aikoina tuloja on voitu lisätä puutavaramyynnin ohella myymällä tontteja vapaa-ajan rakentamiseen sekä tarjoamalla rakentamis- ja huoltopalveluita uusille kiinteistöille. Pysyvästi asuvien tulonhankinta voi myös suurelta osin perustua työhön muualla kuin saarella.